1947年に東京第二師範学校男子部附属中学校として設立されました。1949年に東京学芸大学の設置に伴い、東京学芸大学東京第二師範学校小金井附属中学校と改称し、1951年には東京学芸大学附属小金井中学校と改称しました。1966年には教育学部の附属となり、創立20周年記念式典が行われました。1997年には創立50周年を迎え、2008年には学力の把握に関する研究指定校となり、2017年には創立70周年記念式典が行われました。
東京学芸大学のキャンパス内に位置する利点を活かし、大学との連携を密に行っています。日常的に大学教員が授業を参観し、本校教員と意見交換を行うことで、より良い授業を創造しています。また、大学教員による専門的な授業が行われ、生徒たちは大学の設備を活用した指導を受ける機会も豊富です。さらに、国の「GIGAスクール構想」を利用し、ICTを積極的に活用して生徒の学習と教職員の校務を推進しています。
前期(4月〜9月)では、4月に始業式と入学式、対面式、校外学習が行われます。5月には授業参観やPTA総会、3年生と2年生の修学旅行があり、6月には前期中間考査と学校説明会が開催されます。9月には教育実地研究と生徒会役員選挙が行われます。 後期(10月〜3月)では、10月にスポーツフェスティバルや学芸発表会があり、11月には1年生の修学旅行と後期中間考査が実施されます。12月には「私の主張」発表会や避難訓練、1月には3年生の後期期末考査、2月には合唱祭と卒業生歓送会が行われます。3月には卒業式と修了式が行われ、一年を締めくくります。
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